Действие фильма "Крабат. Ученик колдуна" происходит в Германии 17 века. 13-летний мальчик по имени Крабат остается сиротой, и ему приходится теперь самому думать о том, где жить и чем питаться. Однажды он попадает на таинственную мельницу, хозяин которой обещает прокормить мальчика и научить его своему ремеслу. Однако вскоре оказывается, что это ремесло - искусство черной магии.